El cambio entre líneas o régimen de tratamiento se hace cuando éste deja de ser eficaz, porque el virus ha desarrollado resistencia al mismo. Cuando el virus desarrolla resistencia al tratamiento antirretroviral, significa que continúa replicándose aun con la toma de los antirretrovirales, es decir que han dejado de bloquear la replicación del virus; se puede desarrollar resistencia a los antirretrovirales al dejar de tomarlos, al tomarlos de manera no constante o al haberlos utilizados durante ya muchos años.
Es sumamente importante que se comience el tratamiento antirretroviral lo más pronto posible y que en todo momento, se tenga supervisión de un profesional de la salud; actualmente los tratamientos antirretrovirales han evolucionado favorablemente, reduciendo el número de tomas por día, así como los efectos secundarios.